Kaplnky
Kaplnka sv. Gorazda
Bola postavená na začiatku deväťdesiatych rokov 20. storočia. Posvätil ju nitriansky biskup Ján Chryzostom kardinál Korec 29. septembra 1995. Nachádza sa na mieste bývalej seminárnej záhrady. Pri jej stavbe sa tesne pod povrchom objavila skala hradného brala, takže časť presbytéria je postavená priamo na skalnatom podloží hradného vrchu.
Kaplnka má obdĺžnikový pôdorys, presbytérium tvorí apsida, loď je zaklenutá valenou klenbou a ozdobená drevenými trámami, ktoré evokujú architektúru starokresťanskej baziliky. V minulosti bolo liturgické zariadenie presbytéria drevené, k rekonštrukcii kaplnky sa pristúpilo pri príležitosti 20. výročia obnovy kňazského seminára, v roku 2010.
V presbytériu sa nachádza pevný mramorový oltár, ktorý zdobí tzv. Konštantínov víťazný veniec a grécke písmená X (chi) a P (ro) predstavujúce slovo Christos. V oltári sa nachádzajú relikvie patrónov nitrianskej diecézy, sv. Andreja-Svorada a Beňadika, sv. Leopolda Mandiča, patróna spovedníkov a sv. Rafaela, poľského kňaza a rehoľníka, veľkého ctiteľa Panny Márie a šíriteľa Škapuliara. Oltár slávnostne posvätil nitriansky biskup Mons. Viliam Judák 5. októbra 2012.
Ambona je ozdobená páliom a lipovou ratolesťou, atribútmi sv. Gorazda, patróna kaplnky a aj seminára. Na ambone, ale aj na sedadle celebranta sú znázornené písmená z hlaholiky. Do dlažby v presbytériu je vložený kruhový reliéf so starokresťanským symbolom Krista – rybou a s citátom z Markovho evanjelia: „Poďte za mnou a urobím z vás rybárov ľudí.“ (Mk 1,17).
Po pravej strane presbytéria sa nachádza socha Panny Márie a po ľavej bohostánok. V apside sa nachádza sedadlo celebranta a kríž, ktorého korpus je z pôvodného dreveného kríža kaplnky.
Obnova kaplnky sa podarila vďaka podpore mnohých kňazov, najmä bývalých absolventov seminára, ale aj ďalších dobrodincov.
Od roku 1997 sú na stene kaplnky umiestnené zastavenia krížovej cesty od významného slovenského maliara Ladislava Záborského. V januári roku 2020 boli v kaplnke osadené nové okná s vitrážami sv. Gorazda, sv. Cyrila a Metoda, sv. Andreja Svorada, sv. Beňadika a sv. Imricha. Autorom grafických návrhov vitráží je akademický maliar Miroslav Cipár.
Meditačná kaplnka
Nachádza sa na druhom poschodí v budove malého seminára. V súčasnosti je kaplnka využívaná na spoločné modlitby seminaristov propedeutického ročníka. Okrem nich do nej na súkromné modlitby počas celého dňa prichádzajú aj ostatní bohoslovci. Centrom meditačnej kaplnky je františkánsky kríž. Po ľavej strane sa nachádza ikona Panny Márie, po pravej ikona Ježiša Krista – Pantokratora.
Kaplnka sv. Ladislava
Kaplnka sv. Ladislava sa nachádza v budove veľkého seminára a je situovaná smerom k námestiu (pri pohľade z námestia posledné dve okná vpravo). V kaplnke sa nachádza oltárny obraz sv. Ladislava, ktorý prešiel reštaurovaním v roku 2020. Je bohato zdobená nádhernými freskami Krista - Božieho baránka.
Baroková kaplnka
Pôvodná kaplnka sv. Ladislava, nachádzajúca sa v budove veľkého seminára. V minulosti sa v nej nachádzala vitráž sv. Ladislava, ktorá bola zničená pri bombardovaní Nitry, v pondelok Veľkého týždňa, 26. marca 1945. Vitráž zničila bomba, ktorá dopadla priamo nad kaplnku. Zaujímavosťou je, že v tom čase sa v kaplnke nachádzali všetci bohoslovci, ktorým sa vďaka zvláštnej Božej ochrane nič nestalo. Budova veľkého seminára bola po bombardovaní Nitry celkom zničená. Po rýchlych opravách sa však bohoslovci mohli vrátiť do seminára v septembri toho istého roku.
V súčasnosti sa v kaplnke nachádza zlatý kazetový strop a je umelo osvetlená lustrom z vrstveného skla a mosadze, ktorý je vyhotovený podľa vzoru slovanskej náušnice. V období komunizmu totiž v budove sídlilo Ponitrianske múzeum. Aktuálne je využívaná členmi spoločenstva Neokatechumenátna cesta. V posledných mesiacoch sa taktiež pracuje na obnove vitráže sv. Ladislava.
Kaplnka bl. Titusa Zemana
Nájdete ju v budove Promeritae quieti, ktorá je spojená s budovou Veľkého seminára. Táto budova pôvodne slúžila ako miesto odpočinku pre starších kňazov. Dnes slúži pre potreby študentov Rímskokatolíckej cyrilometodskej bohosloveckej fakulty Univerzity Komenského. Kaplnka bola požehnaná 5. októbra 2018 nitrianskym biskupom Mons. Viliamom Judákom a je zasvätená bl. Titusovi Zemanovi, patrónovi duchovných povolaní. Po ľavej strane oltára sa nachádza relikvia patróna kaplnky a po pravej strane relikvia bl. Anny Kolesárovej. Autorom portrétu bl. Titusa Zemana je akademický maliar Jozef Dobiš.
